Hübener begann im Sommer 1941 selbständig mit dem Abhören von BBC. Er nutzte das Gehörte zur Formulierung und Vervielfältigung antifaschistischer Texte und Flugblätter gegen den Krieg. Im Herbst 1941 bezog er zwei Freunde aus seiner Gemeinde, später Arbeitskollegen in das Abhören des Auslandssenders und in die Verbreitung von rund 60 verschiedenen Flugschriften ein. Deren Auflage betrug zwischen 3 und 5 Stück, alle waren mittels Schreibmaschinen-Durchschlägen hergestellt. Der Inhalt der Flugblätter spiegelte meist Nachrichten aus den abgehörten ausländischen Feindsendern. Anfang Februar 1942 wurde Helmuth Hübener am Arbeitsplatz im Hamburger Bieberhaus verhaftet. Beim Versuch, die Flugblätter ins Französische zu übersetzen und unter Kriegsgefangenen verbreiten zu lassen, war er aufgefallen und von einem Nazi und Träger des Goldenen Parteiabzeichens - seinem Vorgesetzten Heinrich Mohns - bei der Gestapo denunziert worden.
Am 11. August 1942 fand die Verhandlung vor dem 2. Senat unter dem Vizepräsidenten Karl Engert des Volksgerichtshofs in Berlin statt und am 27. Oktober 1942 wurde er im Alter von 17 Jahren hingerichtet. Die drei Mitangeklagten - Karl-Heinz Schnibbe, Rudolf Wobbe und Gerhard Düwer - erhielten lange Freiheitsstrafen. Hübener war mit seinen 17 Jahren der jüngste Widerstandskämpfer, an dem ein Todesurteil des Berliner Volksgerichtshofs vollzogen wurde.